«نهضت آزادی» تشكل سیاسی مخالف رژیم پهلوی نیز علامه جعفری را برای مراسم‌هایش دعوت می‌كرد تا بتواند بر اساس نظر رهبرانش «دین» و «علم» را آشتی دهد. جعفری در جمع «جوانان نهضتی» حضور مییافت و سخنرانی می‌كرد. «مسجد هدایت»، مسجدی كه با نام «آیت‌الله طالقانی» گره خورده بود، نیز محل رفت و آمدش بود؛ در جمعی كه مهندس بازرگان، دكتر سحابی، آیت‌الله طالقانی، مهندس سحابی، عباس شیبانی، بسته‌نگار و... حضور داشتند. در منزلش هم، دانشجویان معترض رژیم حضور می‌یافتند و حتی اعضای سازمان مجاهدین‌خلق نیز آنجا را می‌پسندیدند. انجمن‌های اسلامی دانشجویان به سخنان او دل می‌بستند و او را به جمع خویش دعوت می‌كردند. فقط مذهبی‌ها در محافل او راه نمی‌یافتند بلكه غیرمذهبی‌ها هم به پای منبرش می‌نشستند. دكتر احمد صبور اردوبادی می‌گوید: «حسن صحبت ایشان این بود كه حتی كمونیست‌ها هم می‌آمدند...» او آنچنان در قید مسائل سیاسی نبود كه مدتی اتاقی در منزلش را در اختیار یكی از نیروهای امنیتی رژیم قرار می‌دهد. او به عنوان دانشجویی غریب تقاضای مكانی برای سكونت می‌كند و حدود شش ماه در آنجا می‌ماند و در درس‌هایش شركت می‌كند. جعفری خود پس از رفتن ناگهانی آن فرد می‌گوید: «می‌دانستم كه او مامور ساواك است.» چرا كه او حتی در 12 و 13 خردادماه 42 كه تظاهرات‌های مردم در قالب عزاداری محرم در خیابان‌های تهران برپا بود، به سخنرانی‌های معمولش در دبیرستان مدائن تهران مشغول بود. فضای سیاسی و شور و هیجان آن تاثیری بر محتوای كلامش نمی‌گذاشت و هدفش منحصر به فرد بود و مستقل از این گروه و آن گروه. اینگونه بود كه در اكثر اسناد ساواك؛ اگرچه ماموران در برخی موارد دچار اشتباهاتی همچون ارتباط او با نهضت آزادی یا مجاهدین خلق می‌شدند، اما بر این نكته تصریح شده بود: «فاقد پیشینه مضره»، «در گفتارش مطالب سیاسی وجود نداشت»، «در این جلسه هیچ‌گونه مسائل سیاسی و برخلاف مصالح كشور مطرح نشد»، «گزارش سخنرانی جعفری فاقد ارزش اطلاعاتی است» و...
او به نشریات سیاسی مخالف رژیم، مقاله می‌داد و نقطه‌نظراتش را ابراز می‌كرد؛ مكتب تشیع، نشریه انجمن‌های اسلامی دانشجویان خارج از كشور و... اما مقالاتش در ظرف سیاسی، بوی سیاسی نمی‌داد.
پس از انقلاب نیز، اگرچه همه روحانیون؛ هر كدام به نوبه خودشان در سمت‌های فرهنگی و سیاسی قرار گرفتند اما او به دیدار امام رفت و گفت: «[بگذارید] به كارهای علمی و تحقیقاتی و تدریس و تالیف بپردازم.» امام هم به او گفت: «شما هرچه بگویید و هر كاری را كه انجام بدهید، صحیح است.» شكل‌گیری نظام اسلامی، باعث نشد حتی استادی دانشگاه را بپذیرد یا مسئولیتی در نهادی لااقل فرهنگی قبول كند. البته در نیمه اول دهه 60، مقالات او در میانه دو ارگان حوزوی دو جناح سیاسی حاكم (راست و چپ)؛ یعنی «نور علم» ارگان جامعه مدرسین (روحانیون راست‌گرا) و «حوزه»، ارگان دفتر تبلیغات اسلامی (روحانیون چپ‌گرا)، بیشتر باب میل چپ‌گرایان بود و در نشریه «حوزه» دیده می‌شد. از سوی دیگر نهضتی‌‌ها هم در جریان اختلافات پیش آمده میان امام و مهندس بازرگان از او خواستند تا پا در میانی كند كه نپذیرفت: «آقای دكتر یزدی، پیش من آمد و در مورد اختلاف بین آقای بازرگان و مرحوم امام‌خمینی صحبت كرده و از من خواست كه دخالت كنم و اختلافات را از بین ببرم...»
تقاضای دیگری نیز در اواخر عمر از سوی دكتر سروش مطرح شد كه چالش‌هایی در پی داشت و تا روزهای آخر حیات این كدورت در خاطر علامه جعفری باقی مانده بود. عبدالكریم سروش كه مدت مدیدی با او آشنا بود و گاهی در محافل علمی سخنانش را می‌شنید، در سال 76 به همراه اكبر گنجی و ماشاءالله شمس‌الواعظین به دیداش رفت. سروش از جعفری خواست تا در مراسم نكوداشت او كه در روزهای آتی آن دیدار برگزار می‌شد، از آیت‌الله منتظری دفاع كند و درباره آزادی بیان سخن گوید. اما علامه جعفری نپذیرفت. پس از آن با انتشار خبر این دیدار سروش جوابیه‌ای داد و دفتر علامه هم پاسخی. این بار نیز سیاست نتوانست او را وارد گود كند. مراسم نكوداشت‌اش هم از سوی پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی برگزار شد و دولتمردان و حكومت‌ورزان به تمجید از او پرداختند و اساتید و دانشگاهیان از او تقدیر كردند.
آیت‌الله شیخ محمدتقی جعفری، اگر دانش‌آموخته حوزه بود، اما ماحصل تجربه‌اش در محافل غیرحوزوی به بار نشست و علامه حوزویان نشد و همواره در میان دانشگاهیان دیده شد. او با بزرگان علوم غیردینی، همچون دكتر حسابی، دكتر رضا و حتی دكتر هشترودی نشست و برخاست‌های مستمر داشت. اما كمتر در گعده‌های علما ظاهر شد.
علامه جعفری در قلمرو معارف اسلامی سخن می‌گفت، اما در گوشه‌گوشه سخنرانی‌ها و تدوین آثار نام و گفتارهای شخصیت‌های علمی و ادبی غرب رخ می‌نمود و زیر لوای آموزه‌های تشیع قرار می‌گرفت. به قول نشریه حوزوی «حوزه»: «استاد سخن اندیشمندان غرب را در شعاع درخشش كلام علی(ع) قرار می‌دهد تا همه را برابر عظمت سخنان مولا(ع) به زانو درآورد...» اما این رویكرد در حوزه دیده نشد و خواهانی هم به چشم نیامد؛ و الا رهرویی مییافت و دیگرانی همچون او در حوزه متولد می‌شدند.
منابع:
1- فیضی، كریم، جاودان اندیشه، انتشارات تهذیب، قم، پاییز 1380
2- نصری، عبدالله، تكاپو‌گر اندیشهها، پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی، تهران، چاپ چهارم، 1387
3- جوادی، محمدرضا، فیلسوف شرق، دفتر نشر فرهنگ اسلامی، تهران، چاپ دوم،1380
4- فاضلی، قادر، یادیار، فضیلت علم، تهران، چاپ دوم، 1384
5- چراغ فروزان (یاران امام به روایت اسناد ساواك، جلد 7)، مركز بررسی اسناد تاریخی وزارت اطلاعات، چاپ اول، دی 1377
6- جعفری، محمدتقی، رسائل فقهی، موسسه علامه جعفری، انتشارات تهذیب، چاپ اول، زمستان 1380
7- مهدی‌پور، محمد و آزادی، علیرضا، مجموعه مقالات كنگره بین‌المللی بزرگداشت علامه محمدتقی جعفری، دو جلد، انتشارات دانشگاه تبریز، 1379
8 – جعفریان، رسول، جریان‌ها و سازمان‌های مذهبی – سیاسی ایران (1357-1320)، چاپ ششم، بهار 1385
9 – گلشن ابرار، جلد 6 و 7، پژوهشكده علمی – كاربردی باقرالعلوم، قم، زمستان 85 و بهار 86
10 – دوانی، علی، نهضت روحانیون ایران، جلد 3، مركز اسناد انقلاب اسلامی، تهران، چاپ دوم، 1377
11- صالح، سیدمحسن، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، از آغاز تاكنون، جلد 2، مركز اسناد انقلاب اسلامی، تهران، چاپ اول، زمستان 85
12- میردار، مرتضی، خاطرات حجت‌الاسلام‌والمسلمین ناطق‌نوری، جلد یك، مركز اسناد انقلاب اسلامی، چاپ دوم، پاییز 84
13- ویژه برنامه تصویری نكوداشت علامه محمدتقی جعفری (ستاره‌ای بدرخشید)، شبكه دوم صداوسیمای جمهوری اسلامی ایران
14- گفت‌وگوی نگارنده با حجت‌الاسلام والمسلمین علی‌اكبر رشاد
