در دوران قاجار مجموعه جواهرات جمعآوری و ضبط شد و تعدادی از جواهرات بر تاج کیانی، تخت نادری، کره جواهرنشان و تختطاووس نصب گردید.
در ۱۳۱۶ ش، قسمت عمده جواهرات به بانک ملی ایران منتقل گردید و پشتوانه اسکناس و بعداً وثیقه اسناد بدهی دولت به بانک بابت پشتوانه اسکناس قرار گرفت. خزانه فعلی در ۱۳۳۴ ساخته و در ۱۳۳۹ با تأسیس بانک مرکزی ایران افتتاح و به این بانک سپرده شد.
این موزه تا قبل از انقلاب فعالیت داشته و بعد از آن تعطیل و دوباره در ۱۳۶۹ برای عموم بازگشایی شد.
جواهرات مهم این موزه الماس دریای نور، تخت طاووس یا تخت خورشید، تخت نادری و کره جواهر نشان است.