ولی یک کشف ریاضی رابطه فیثاغورس با پیروانش را بر هم زد. انها اعتقاد داشتند اعداد طبیعی مانند( 1, 2 , 3 , 4 و شبیه انها) با نسبتهایی که از آنها به دست می آید( مانند 2/1 , 3/1 , 4/1 و شبیه آنها) برای تبیین همه ریاضیات و طبیعت کافی است انها همچنین دریافتند که قطر یک مربع را نمی توان به صورت نسبتی از دو عدد صحیح نشان داد و هیچ دو عدد کاملی یافت نمی شود که مربع یکی از آنها درست دو برابر مربع دیگری باشد. این کشف سبب گفتگویی در میان فیثاغورسیان شد . انها با موفقیت این کشف ها را برای چندید سال پنهان کردند.
با این اعتقادات مرموز فیثاغورسیان از نظر همسایگان خود افرادی عجیب و حتی بنیادستیز به حساب می آمدند و فعالیت های سیاسی آنها سر انجام سبب تبعید فیثاغورس شد. او به مگابونتوم که شهری یونانی در جنوب ایتالیا بود رفت و در همانجا درگذشت. اگرچه طرفداران فیثاغورس نظریات او را ثبت کردند و احتمالا چیزی بر آنها افزودند با این وجود هیچ یک از نوشته های او به جا نمانده است.