دوره دوم
در این دوره میرزا با از دست دادن بعضی از دوستان سابقش که اثرات مهمی در قیام او داشتند از جمله دکتر حشمت ، حاج احمد کسمایی و میرزا حسین کسمایی ، اکنون به بعضی دیگر از دوستانش که تمایلات چپگرایانه دارند از جمله احسان الله خان و خالو قربان میدان می دهد و آنها نیز میرزا را ترغیب به دوستی با اتحاد جماهیر شوروی می کنند.میرزا پس از ملاقات با نماینده شوروی در انزلی مسیر جدیدی را دنبال میکند و این مقدمه ای بر تشکیل کمیته انقلاب و برقراری حکومت جمهوری می شود . هرچند تاریخ نشان داد که روحیات میرزا با افکار کمونیستی همساز نیست و میرزا نتوانست با آنها کنار بیاید .
جنگلیها در این دوره هدف خود را «اخراج نیروهای بیگانه، رفع بی عدالتی، مبارزه با خودکامگی و استبداد و برقراری دولتی مردمی» اعلام می‌کردند. در همین راستا در روز یکشنبه ۱۶ خرداد ۱۲۹۹ قوای جنگل با انتشار بیانیه‌ای تشکیل کمیته انقلاب ایران و تأسیس حکومت جمهوری گیلان را اعلام نمود ودولت جمهوری را معرفی کرد، که میرزا عنوان رهبر را داشت. امّا هنوز دولت تازه انقلابی سامان نگرفته بود که با حمایت بلشویک‌های روس اغتشاش انقلابیهای سرخ طرفدار شوروی آغاز گردید که نهایتاً جمعه ۱۸ تیر ۱۲۹۹ میرزا به عنوان اعتراض از رشت به صومعه سرا رفته و قبل از حرکت پیغامی توسط نماینده خود برای لنین به مسکو فرستاد که در آن ذکر شده بود: «در موقع، خود به نمایندگان روسیه اظهار کردم که ملّت ایران حاضر نیست برنامه بلشویکها را قبول کند».
در تاریخ شنبه ۹ مرداد ۱۲۹۹ طرفداران شوروی با رهبری و حمایت فرمانده قوای مسلح شوروی و مدیر بخش سیاسی و امنیت نظامی آن در رشت بر ضدّ میرزا کودتا کردند. همه طرفداران میرزا را دستگیر و بازداشت کردند. آنها دولت جدیدی معرفی کردند که احسان الله خان سرکمیسر و کمیسر خارجه و (سید جعفر جوادزاده) سید جعفر پیشه‌وری کمیسر داخله شد. بالا گرفتن اختلافات، و دستگیری‌ها، باعث تضعیف قوای جنگل گردید.هر چند پس از مدتی کمونیستها با میرزا از در صلح درآمدند و دوباره دولت جدیدی به رهبری میرزا تشکیل شد ، اما این دولت جدید نیز دوامی نیاورد و با قتل حیدر خان عمو اوغلی دوباره از هم پاشید . بفرمان احمدشاه قاجار قوای دولتی بریگاد قزاق به سرکردگی سردار سپه برای سرکوبی قوای سرخ وارد رشت گردید که چندین برخورد جنگی بین دو قوای بوجود آمد که گاه نیروهای دولتی پیشروی و گاه عقب نشینی می‌کردند. در نهایت با مذاکرات پشت پرده قوای سرخ خاک رشت و بندر انزلی را ترک نمودند. لازم به ذکر است در این جنگ‌ها میرزا با قوای خود در صومعه سرا بود که بی طرف مانده و در فکر تجدید قوا بود.
سعی قزاق‌ها، به فرماندهی سردار سپه برای مذاکره با میرزا و دعوت او به مرکز نتیجه نداده و بنا به دلایل فراوانی مذاکرات به شکست انجامید. یکی از این دلایل این بود که تعدادی از جنگلیها بمانند دکتر حشمت و یارانش قبلاً با سردار سپه توافق کرده بودند که عملا به کشته شدنشان انجامید.
در نهایت قوای قزاق از فرصت استفاده کرده و طی شبیخونهای فراوانی، نیروهای جنگل را وادار به عقب نشینی کردند و بعضی از سران تسلیم یا کشته شدند. میرزا همراه با تنها یار وفادارش، گائوک آلمانی معروف به هوشنگ، جهت رفتن به نزد عظمت خانم فولادلو، که همیشه از میرزا حمایت میکرد، به طرف کوه‌های خلخال حرکت کردند ولی دچار بوران و طوفان گردیده و سرانجام زیر فشار سرما و برف در ۱۱ آذر ۱۳۰۰، هنگامی که میرزا هوشنگ را به کول گرفته بود، از پای در آمدند.
خبر درگذشت میرزا، به گوش محمدخان سالارشجاع برادر امیر مقتدر طالش که از بدخواهان میرزا بود، رسید. نامبرده با هماره شماری تفگچی به خانقاه رفت و اهالی را از دفن اجساد منع کرد. سپس دستور داد یکی از طالش‌های همراه وی که رضا اشکستانی بود، سر یخ زده میرزا را از بدنش جدا کند. محمدخان سپس سر را نزد برادرش امیر مقتدر در ماسال برده و آنگاه به رشت برده و تسلیم فرماندهان نظامی کرد.
سر میرزا کوچک خان را در مجاورت سربازخانه رشت، درجایی که معروف به انبار نفت نوبل است، تا مدتها در معرض تماشای مردم قرار داده و سپس خالو قربان که از یاران سابق میرزا و از هواداران سردار سپه بود، سر میرزا را به تهران به نزد سردار سپه فرستاد.
سر میرزا را به دستور سردار سپه در گورستان حسن آباد دفن کردند. بعد یکی از یاران قدیمی میرزا بنام کاس آقا حسام سر میرزا را محرمانه از گورکن تحویل و به رشت برده و در محلّی موسوم به سلیمان داراب بخاک سپرد. در شهریور ۱۳۲۰ و هنگام استعفای رضاشاه آزادیخواهان گیلان قصد داشتند جسد بدون سر میرزا را با تشریفات شایسته از خانقاه خلخال به رشت حمل کنند ولی ماموران جلوگیری کردند. در نتیجه به جهت پیشگیری از برخورد جسد میرزا را بطور عادی به رشت حمل و در جوار سر دفن کردند. از آن تاریخ هر سال در روز ۱۱ آذر مراسمی ساده در مزار او در سلیمان داراب رشت برگزار می‌شود.
