بعد از چندی در جرگه طلاب به مدرسه جامع وارد شد که از لحاظ تعلیمات دینی در سطحی بالاتر قرار داشت. میرزاکوچک خان در خلال تحصیل مقدمات فقه و اصول، در مخالفت با نارواییها بی پروا بود به همین سبب احترام سایر طلاب را به خود جلب کرد.
در قیام آزادیخواهان رشت علیه پیمان شکنی محمدعلی شاه (1326 ه.ق) در صف مشروطه طلبان جای گرفت و با آنان در تحصن شهبندری عثمانی (کنسولگری عثمانی) شرکت جست و هر سحرگاه با صدای تکبیر خود متحصّنان را به ادای نماز فرا می واند (تکبیر او و نماز متحصنان پاسخی بود به تبلیغات دولتیان که آزادیخواهان را بی مذهب معرفی میکردند) در واقعه تعرض مسلحانه مشروطه خواهان رشت علیه قوای مستبدان (16 محرم 1327 هـ ق) از طرف همکاران وی بود و انجمنی به نام وفا را تشکیل داده بود و اداره میکرد.