مبارزه نظامى با استعمار
در زمان مرجعیت فراگیر مرحوم آیةالله یزدى، دولت ایتالیا قواى خود را براى اشغال كشور لیبى در شمال آفریقا به حركت درآورد . در آن ایام، قسمتشمال ایران در اشغال قواى روس و جنوب آن، مورد هجوم انگلیس واقع شده بود . مرحوم سید در دفاع از حدود و مرزهاى ممالك اسلامى و براى مقابله با حمله و اشغال قواى استعمارگران فتوایى صادر كرد كه نشانگر بیدارى و استعمارستیزى آن بزرگ مرد است . این حكم یا فتوا در ذىحجه سال 1329ه . ق . به عربى صادر گردید كه ترجمه آن چنین است:
«بسم الله الرحمن الرحیم، در این ایامى كه كشورهاى اروپایى، مانند ایتالیا، به طرابلس غرب (لیبى) حمله نموده و از طرفى روس ها شمال ایران را با قواى خود اشغال كرده اند و انگلیسى ها نیز نیروهاى خود را در جنوب ایران پیاده كرده اند و اسلام را در معرض خطر نابودى قرار داده اند، بر عموم مسلمانان، از عرب و ایرانى، واجب است كه خود را براى عقب راندن كفار از ممالك اسلامى مهیا سازند و از بذل جان و مال در راه بیرون راندن نیروهاى ایتالیا از طرابلس غرب و اخراج قواى روس و انگلیس از ایران، هیچ فروگذار نكنند; زیرا این كار از مهم ترین فرایض اسلامى است، تا به یارى خداوند دو مملكت اسلامى از تهاجم صلیبىها محفوظ بماند .» سیدمحمدكاظم طباطبایى .
همچنین در جنگ جهانى اول، دولت «عثمانى» با كمك دولت آلمان از یك سو و نیروهاى انگلیسى و فرانسوى از سوى دیگر، وارد جنگ شدند تا اینكه دامنه جنگ به كشور عراق كشیده شد و آن كشور اسلامى را در معرض خطر قرار داد .
در این هنگام، علماى بزرگ شیعه مقیم عراق، آیةالله آقا سیدمحمدكاظم طباطبایى یزدى، آیةالله میرزا محمدتقى شیرازى و آیةالله شیخ الشریعه اصفهانى علیه انگلیس، كه عراق را اشغال نموده بود، اعلان جهاد دادند و حتى ده ها تن از مجتهدان بزرگ ایرانى و طلاب علوم دینى به اتفاق سایر علما و مجتهدان شیعه عراقى وارد جنگ شدند و پیشاپیش سپاه عثمانى و عشایر شیعه عراق، در مناطق «شعیبه» در اطراف بصره، «مزیرعه» در حومه «قرنه» و «ابى الدعالج» در اطراف «ناصریه» و «عماره» و «كوت» و «قصیبه» واقع در حومه بغداد، به دفاع از مملكت اسلامى عراق پرداختند . در صحن علوى، آیت الله سید محمد كاظم یزدى بالاى منبر براى مردم سخنرانى كرد و آنان را به دفاع از سرزمین اسلامى دعوت كرد و بر ثروتمند عاجز واجب كرد كه با مالش، فقیر توانا را در امر جهاد تجهیز كند
در این جنگ، مرحوم آقا سیدمحمد طباطبایى، فرزند ارشد آیةالله العظمى آقاى سیدكاظم یزدى و برادرش سید محمود طباطبایى، آیةالله آقا سیدمصطفى كاشانى و فرزند وى آیة الله سید ابوالقاسم كاشانى، آیةالله آقا سیدمحمدتقى خوانسارى، آیةالله شیخ محمدمهدى خالصى و فرزندش مرحوم شیخ محمد خالصى زاده، سیداسماعیل یزدى، آیةالله سیدمحمدسعید حبوبى، آقا سیدعلى تبریزى، میرزا مهدى خراسانى فرزند آیة الله خراسانى، شیخ محمدرضا شیرازى فرزند آیة الله میرزا محمدتقى شیرازى، آیةالله سید محسن حكیم، آیةالله شیخ محمدحسین كاشف الغطا و بسیارى دیگر از علما و طلاب بودند .
مخالفتسید تنها اختصاص به انگلستان نداشتبلكه زمانى كه محمدعلى شاه براى سركوب جنبش مشروطیت از روسیه مدد خواست و سربازان روسى وارد آذربایجان شدند، این اقدام خشم و تنفر زیادى در مردم علیه محمدعلى شاه و روس ها به وجود آورد و علما از جمله آیةالله سید محمدكاظم یزدى نیز علیه روسیه، این پشتوانه محمدعلى شاه، دستبه كار شدند و جهاد در دفع متجاوزان روسى را واجب شمردند .
در این باره، در تلگرام لاثر، وزیر مختار انگلیس در قسطنطنیه، به وزیر امورخارجه انگلیس آمده است:
موضوع: ایران . تلگرام زیر را از نماینده سیاسى و سركنسول دولت اعلى حضرت پادشاهى [انگلیس] در بغداد دریافت داشتهام: «معتقدم تا تخلیه ایران از سپاهیان روس كه مورد تنفر شدید علما بود، گویند شوم تر از تعلل شاه در اعلام مشروطه است; نمى توانیم انتظار چندان كمكى از علماى نجف و كربلا داشته باشیم . به طورى كه شنیدهام، سیدكاظم یزدى، كه تاكنون در سیاست دخالتى نداشت، اینك همقطار روسىام به من اطلاع مىدهد كه نفوذ قابل ملاحظهاى در قفقاز دارد; تلگرافى به عنوان شاه مخابره كرده و اشغال خاك ایران را توسط سپاهیان بیگانه تقبیح كرده است . درباره این تلگرام من چیزى به سركنسول روس نگفتهام .»
به دنبال اشغال ایران توسط روس ها، همه علماى نجف; از جمله سید قصد داشتند به سوى ایران حركت كنند . آقاى نجفى قوچانى، در این باره مىنویسد:
«چون روس عساكر خود را به ایران سوق داده و تعدیات جابرانه مىنمود، آقاى آخوند به عزم جهاد و بیرون نمودن روس و سركوبى محمدعلى میرزا حركت نمود و من هم با آخوند و تمام طلاب و مجتهدین دیگر، حتى آقاى آقا سیدكاظم حركت نمودیم . »