عفونت حاصل از خالکوبی ممکن است بسیار حاد باشد به طوری که 7 تا 10 روز بعد از تاتو شروع می شود خالکوبی ابرو نیز سبب التهاب شدید چشم، ابرو و پیشانی می شود که به این عارضه سلولیت گفته می شود.
شایع شدن خالکوبی در سالهای اخیر که بیشتر به دلیل زیبایی انجام می شود، باعث بروز عوارضی بر روی بدن فرد می شود که این عوارض در اکثر موارد می توانند بسیار خطرناک باشند از جمله این عوارض تاثیری است که می تواند بر روی بافت مغز بگذارد و مشکلات زیادی را برای فرد ایجاد کند.
با گذشت زمان و پیشرفت علم پزشکی مشخص شد که عمل خالکوبی از نظر بهداشتی بسیار خطرناک است و شامل عوارض زودرس و دیررس می شود.
ممکن است فرد حساسیت بیش از حد به آفتاب پیدا کند چرا که بعضی مواد رنگی، نور را بیش از حد معمول جذب می کند و باعث آفتاب سوختگی شدید می شود.
یکی از عوارض خالکوبی که ممکن است بعد از 20 تا 30 سالگی بروز کند، سرطانهای پوستی از جمله B.B.C و S.C.C است و در موراد نادری هم سرطان بسیار خطرناک پوستی بنام ملانوم در تاتوهای قدیمی گزارش شده است.
از هرگونه تاتو در ابرو، پلک چشم، لب و یا در بدن خودداری شود چرا که پاک کردن آن معضل بزرگی است و باید از لیزر استفاده شود و فرد باید متحمل هزینه سنگین و درد زیاد شود و نهایتا موهای آن قسمت از بدن را از دست خواهد داد.