می‌گویند بر قله این کوه در سه هزار سال پیش غاری بوده است که حضرت خضر (ع) در آن غار به عبادت و نیایش می‌پرداخت، غاری که امروز به مسجد کوچکی تبدیل شده است و سال‌ها پیش از این در حالی که هنوز قم آنقدر بزرگ نشده بود که خود را به دامنه این کوه برساند معبد عارفان و سالکان و اوتاد بود، خلوت کده‌ای برای شب زنده‌داری و عبادت عالمان و عاشقان طریقت حق؛
در روایات اسلامی نیز بر قداست کوهی سفید که در اطراف قم و به نزدیکی دهی کهن که در جنب مسجدی است و جمکران نام دارد تاکید شده است. همان کوهی که به کوه خضر شهرت دارد و گویند پرچم قائم آل محمد "عج" را هنگام ظهور در آن مکان برافرازند مکانی که امروز به مسجد‌گاهی برای عامه بدل گشته است و تفرجگاهی مذهبی برای زائران این شهر و جایی برای کسب معنویت است. از طرفی رونق آن از علائم نزدیکی ظهور حضرت مهدی(عج) است نه این که حضرت از آنجا ظهور کنند؛ در حدیث معتبری از امیرالمؤمنین علی(علیه السلام) نقل شده است که ساخت مسجدی را در کنار کوه خضر که پایگاهی برای یاران امام موعود(ع) است خبر می‌دهد. این حدیث شریف که کلمه جمکران را نیز به همراه دارد در کتاب انوارالمشعشعین، ج 1، ص 454 فصل 10، نور سوم به طور مفصل نقل و شرح شده است.
این كوه با ارتفاعی حدود 300 متر، در كنار كوه دوبرادران در ادامه رشته‌كوه زاگرس قرار دارد.
در سفرنامه قم اثر غلامحسین ادیب، ملقب به «افضل الملك» و مشهور به «ادیب كرمانی» (1279ـ1348ه .ق) كه در سال 1334ه .ق نگاشته شده است، در مورد «كوه خضر» چنین آمده است: «دیگر از جاهایی كه در بیرون شهر و نزدیك به دروازه است، كوه خضر است. در بالای كوه، صحن كوچك و رواق و اطاق و بقعه امامزاده است و نزدیك همان صحن در بالای كوه یك چارطاقی است كه معروف به مكان خضر است، همیشه در آنجا اوتاد و اقطاب به مردم حقیقی تا چندی منزل كرده و اعتزال جسته‌اند... این سلسله كوه خضر چندان ارتفاع زیاد از اندازه ندارد، ولی در سرحد كه آدمی می‌رسد به یك شكل مخصوص و طرز مهیبی آن كوه دیده می‌شود كه آدمی به حیرت می‌افتد، سنگ‌های تیزی دارد، خیلی ناهموار و فراز و نشیب دارد. گویند در این كوه جانور درنده دیده شده است. بالای كوه آب روان و درخت نیست، تمام سنگ‌خاره است و راه رفتن به بالای كوه خیلی ناهموار است. كوه خضر قبلة قم است. در فوق آن مسجد مختصر خوبی ساخته‌اند كه همان اطاق جنب امامزاده است»
