حضور در استقلال تهران
زمستان ۱۳۶۷ او به تهران بازگشت و به باشگاه استقلال تهران پیوست و تا پایان دوران بازی اش در این تیم ماند. اولین بازی قلعه نویی به عنوان بازیکن استقلال در تاریخ ۱۳۶۷/۱۲/۱۹ مقابل پرسپولیس رقم خورد. این بازی که در مرحله یک چهارم نهایی جام حذفی برگزار میشد به پنالتی کشیده شد و او پنالتیاش را از دست داد.
نخستین قهرمانی قلعه نویی با استقلال در اولین لیگ باشگاههای ایران پس از انقلاب (لیگ قدس) و در سال ۱۳۶۹ روی داد. استقلال در فینال پرسپولیس را ۲-۱ شکست داد که هر دو گل استقلال روی پاسهای قلعه نویی به ثمر رسید.
پس از آن قلعه نویی با استقلال قهرمان جام باشگاههای آسیا (۱۹۹۰)، لیگ باشگاههای تهران (۱۳۷۰)، قهرمان سوپر جام تهران (۱۳۷۳)، و قهرمان جام حذفی فوتبال ایران (۷۵-۱۳۷۴) شد. در این دو قهرمانی قلعه نویی کاپیتان استقلال بود، ضمن اینکه هر دو گل استقلال در بازی برگشت فینال جام حذفی ۷۵-۱۳۷۴ در مقابل برق شیراز را به ثمر رساند. او همچنین با استقلال در سالهای ۱۳۷۰ و ۱۳۷۳ نایب قهرمان لیگ ایران (لیگ آزادگان) شد.