نگاه اجمالی اگر زندگی دانشمندان مختلف علوم را از نظر بگذرانیم، ملاحظه می‌کنیم که همواره در بیان عقاید و نظریات خود از آزادی عمل کامل برخوردار نبوده‌اند و لذا برای اینکه بتوانند نظریه‌ای را به اثبات رسانده و به دیگران بفهمانند، چه سختیها و ناراحتی‌هایی کشیده‌اند. مخصوصا اینکه در بعضی موارد سعی می‌کنند، مذهب را در مقابل علم قرار دهند که در این صورت مشکلات دانشمندان صد چندان خواهد شد. از جمله دانشمندان فیزیک که بیشتر از دیگران با این مخالفتها و صف‌آرایی‌ها روبرو بوده است، گالیله می‌باشد. تفاوت بنیادی گالیله با دیگران در سال 1616 میلادی از سوی مقامات بلند پایه کلیسای کاتولیک روم به گالیله اخطار شد که از تعلیم تئوری‌های کپرنیکی به عنوان واقعیت دست بردارد. تدریس آن فقط به عنوان یکی از چندین روش ممکن برای محاسبه حرکت سیارات مجاز بود. سازمان تفتیش عقاید اعلام داشت که این تئوری با کتاب مقدس سازگار نیست. در همان هنگام ، کتاب کپرنیک ، «تا وقتی که تصحیح شود» ، در فهرست کتابهای ممنوع قرار گرفت.
کپرنیک اندیشه‌های ارسطویی را برای تایید تئوری خود به کار می‌برد، اما گالیله به نظرگاه نوینی دست یافته بود. وی اصرار می‌کرد که منظومه خورشید مرکزی تنها به سبب شایستگی آن مورد پذیرش قرار گیرد. گالیله خود قلبا فردی مذهبی بود. اما از روی تامل ، مسائل مربوط به اعتقادات مذهبی را از بحثهای علمی جدا می‌کرد و این تمایزی بنیادی با گذشته بود. تنبیه گالیله کاردنیال باربرینی ، که زمانی دوست نزدیک گالیله بود ، در سال 1623 به عنوان پاپ اوربانوس هشتم انتخاب شد. گالیله با او درباره حکمی که علیه اندیشه‌های کپرنیکی بود، گفتگو کرد. از نتیجه بحث ، گالیله احساس امنیت کرد و تصمیم گرفت که بار دیگر درباره موضوع مورد بحث ، مطالبی بنویسد. در سال 1632 با تغییراتی که در کتاب «دو منظومه جهانی بزرگ» پدید آورد، رضایت به چاپ مجدد آن داد.
در این کتاب نقطه‌نظرهای بطلیموسی و کپرنیکی و شایستگی‌های نسبی آنها به نحو قاطع ارائه شده بود. پس از انتشار کتاب مخالفان گالیله اظهار می‌کردند که او از اخطار سال 1616 سرباز زده است، از این گذشته گالیله ، گاه در گفتار و کردار خود رعایت آداب را نمی‌کرد. این واقعیت و نیاز سازمان تفتیش عقاید به نمایاندن قدرت خود به دیگر بدعت‌گذاران ، سبب شد که گالیله برای تنبیه برگزیده شود. گالیله ، دانشمند مذهبی در میان عوامل بسیاری که در این داستان پیچیده دخیل بوده‌اند، باید بار دیگر بر این نکته تاکید ورزیم که گالیله خود را صاحب ایمان مذهبی می‌دانست. او در نامه‌های سالهای 1613 و 1615 نوشته بود که اندیشه خداوند در بردارنده همه قوانین طبیعی است. در نتیجه ، بینش اتفاقی دانشمندان نسبت به این قوانین ، به اندازه آنچه در کتابهای آسمانی آمده است، در شناخت خداوند سودمند است.
گالیله می‌نویسد: «... کتاب مقدس و طبیعت به طور یکسان از کلام الهی نشات یافته‌اند ... و خداوند خویشتن را در عملکرد طبیعت کمتر از عبارتهای مقدس کتاب آسمانی ستودنی نمی‌نمایاند.» اینگونه اعتقادها در میان مردم امروز ، چه دانشمند چه غیر دانشمند ، طرفداران بسیار دارد.
اندک مردمی آنها را مغایر با مذهب می‌دانند. اما در عصر گالیله چنان اندیشه‌هایی عموما از آثار چندتاپرستی تلقی می‌شد. چندتاپرستی یکی از بدعتها یا گناهانی بود که به عنوان نقض مقررات مذهبی سبب شد، جوردانو برونو را در عصر گالیله زنده زنده در آتش بسوزانند. سازمان تفتیش عقاید از آن بیم داشت که گالیله ، انجیل ، منبع مسلم دانش درباره علوم طبیعی را آشکارا تکذیب کند. گالیله ، با غروری که اغلب داشت، در مقابل کاردنیال بارونیوس می‌گفت: «روح القدس می‌خواست به ما بیاموزد که چگونه به بهشت برویم، نه اینکه چگونه آسمان تغییر می‌کند.» گالیله عبرتی برای دیگران گالیله ، اگر چه پیر و مریض بود، به رم فرا خوانده شد و چند ماه زندانی شد. بخشی از مدارک مربوط به محاکمه او هنوز هم جزو اسرار است. اما می‌دانیم که او محکوم و به شکنجه تهدید شد و او را مجبور کردند که اعترافی رسمی مبنی بر اعتقاد به اندیشه‌های ممنوع و تدریس آنها بنویسد. همچنین او را مجبور کردند که تئوری کپرنیکی را تکذیب کند. به ازای این اعتراف و تکذیب ، محکومیت او این بود که پیوسته در خانه خودش تحت نظر قرار گیرد. دوستان گالیله در ایتالیا جرات نکردند که آشکارا به دفاع از او برخیزند. کتاب او نیز در فهرست کتابهای ممنوع قرار گرفت. کتاب او به همراه کتاب کپرنیک و یکی از کتابهای کپلر تا سال 1835 در فهرست کتابهای ممنوع باقی بود. به این ترتیب ، گالیله عبرتی بود برای همه مردم تا بدانند که سازش شرعی نیازمند سازش معنوی هم هست. آیا پیشرفت علمی بدون آزادی معنوی ممکن است؟ بدون آزادی معنوی ، علم مدتها از پیشرفت و شگفتی باز خواهد ماند. ایتالیا دانشوران برجسته‌ای در خود پرورده بود. اما به مدت دو قرن پس از گالیله ، ایتالیا به ندرت دانشمندی بزرگ به خود می‌دید، در حالی که در دیگر نقاط اروپا دانشمندان بسیار پیدا شدند. امروزه ، دانشمندان زیرکانه به این بخش از داستان گسترش تئوری‌های سیاره‌ای آگاهی دارند. معلمان و دانشمندان زمان ما با دشمنان نیرومند آزادی اندیشه و بیان مقابله کرده‌اند.
امروز ، مانند روزگار گالیله ، مردان و زنانی که به آفرینش و انتشار افکار نوین می‌پردازند، باید آماده مواجهه با این دشمنان باشند، زیرا هنوز هم مردمی هستند که از بررسی آزادانه اندیشه‌ها و شواهد جدید در هراسند و میل به خاموش کردن آنها دارند.
