در سال 1339 قمری، آقا روح الله در حالی که نوزده سال بیشتر نداشت برای ادامه ی تحصیل عازم اراک شد. در آن زمان، حوزه ی علمیه ی اراک شهرت زیادی کسب کرده بود. آیت الله حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی، از شاگردان میرزا حسن شیرازی، در سال 1318 قمری، نجف را به قصد اراک ترک گفته و حوزه ی علمیه ی آن شهر را بنا نهاد. شش سال بعد همزمان با اعلام مشروطیت در ایران به نجف و سپس به کربلا رفت. شاید پرهیز از ورود به عالم سیاستِ ایران او را به این سفر کشاند. به هر روی بار دیگر در سال 1332 قمری به دعوت مردم اراک به آن شهر بازگشت و ریاست حوزه ی آنجا را در اختیار گرفت. در همین سالهاست که آیت الله سید محمد تقی خوانساری که به دلیل مبارزات ضد انگلیسی به اراک تبعید شده بود به دعوت آیت الله حائری مشغول به تدریس گردید.