پس از ترور حسنعلی منصور نخست وزیر وقت توسط شهید محمد بخارایی کادر رهبری هیئتهای موتلفه شناسایی و دستگیر میشود ولی از آنجا که قاضی یی که پرونده این گروه تحت نظر او بود مدتی در قم نزد استاد تحصیل کرده بود به ایشان پیغام میفرستد که حق استادی را به جا آوردم و بدین ترتیب استاد شهید از مهلکه جان سالم بدر میبرد. سنگینتر میشود. در این زمان وی به تألیف کتاب در موضوعات مورد نیاز جامعه و ایراد سخنرانی در دانشگاهها، انجمن اسلامی کردن محتوای نهضت اسلامی پزشکان، مسجد هدایت، مسجد جامع نارمک و غیره ادامه میدهد. به طور کلی استاد شهید که به یک نهضت اسلامی معتقد بود نه به هر نهضتی، برای اسلامی کردن محتوای نهضت تلاشهای ایدئولوژیک بسیاری نمود و با اقدام به تأسیس حسینیه ارشاد نمود و با کجرویها و انحرافات مبارزه سرسختانه کرد. در سال ۱۳۴۶ به کمک چند تن از دوستان اقدام به تأسیس حسینیه ارشاد نمود به طوری که میتوان او را بنیانگذار آن موسسه دانست. ولی پس از مدتی به علت تکروی و کارهای خودسرانه و بدون مشورت یکی از اعضای هیئت مدیره و ممانعت او از اجرای طرحهای استاد و از جمله ایجاد یک شورای روحانی که کارهای علمی و تبلیغی حسینیه زیر نظر آن شورا باشد سرانجام در سال ۱۳۴۹ علیرغم زحمات زیادی که برای آن موسسه کشیده بود و علیرغم امید زیادی که به آینده آن بسته بود در حالی که در آن چند سال خون دل زیادی خورده بود از عضویت هیئت مدیره آن موسسه استعفا داد و آن را ترک گفت. در سال ۱۳۴۸ به خاطر صدور اعلامیهای با امضای ایشان و حضرت علامه طباطبایی و آِیت الله حاج سید ابوالفضل مجتهد زنجانی مبنی بر جمع اعانه برای کمک به آوارگان فلسطینی و اعلام آن طی یک سخنرانی در حسینیه ارشاد دستگیر شد و مدت کوتاهی در زندان تک سلولی به سربرد. از سال ۱۳۴۹ تا ۱۳۵۱ برنامههای تبلیغی مسجدالجواد را زیر نظر داشت و غالباً خود سخنران اصلی بود تا اینکه آن مسجد و به دنبال آن حسینیه ارشاد تعطیل گردید و بار دیگر استاد مطهری دستگیر و مدتی در بازداشت قرار گرفت. پس از آن استاد شهید سخنرانیهای خود را در مسجد جاوید و مسجد ارک و غیره ایراد میکرد. بعد از مدتی مسجد جاوید نیز تعطیل گردید. در حدود سال ۱۳۵۳ ممنوع المنبر گردید و این ممنوعیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت. اما مهمترین خدمات استاد مطهری در طول حیات پر برکتش ارائه ایدئولوژی اصیل اسلامی از طریق درس و سخنرانی و تألیف کتاب است. این امر خصوصاً در سالهای ۱۳۵۱ تا ۱۳۵۷ به خاطر افزایش تبلیغات گروههای چپ و پدید آمدن گروههای مسلمان چپ زده و ظهور پدیده التقاط به اوج خود میرسد. گذشته از حضرت امام، استاد مطهری اولین شخصیتی است که به خطر سران سازمان موسوم به «مجاهدین خلق ایران» پی میبرد و دیگران را از همکاری با این سازمان باز میدارد و حتی تغییر ایدئولوژی آنها را پیش بینی مینماید. در این سالها استاد شهید به توصیه حضرت امام مبنی بر تدریس در حوزه علمی قم هفتهای دو روز به قم عزیمت نموده و درسهای مهمی در آن حوزه القا مینماید و همزمان در تهران نیز درسهایی در منزل و غیره تدریس میکند. در سال ۱۳۵۵ به دنبال یک درگیری با یک استاد کمونیست دانشکده الهیات! زودتر از موعد مقرر بازنشسته میشود. همچنین در این سالها استاد شهید با همکاری تنی چند از شخصیتهای روحانی، «جامعه روحانیت مبارز تهران» را بنیان میگذارد بدان امید که روحانیت شهرستانها نیز به تدریج چنین سازمانی پیدا کند. گرچه ارتباط استاد مطهری با امام خمینی پس از تبعید ایشان از ایران به وسیله نامه و غیره استمرار داشته است ولی در سال ۱۳۵۵ موفق گردید مسافرتی به نجف اشرف نموده و ضمن دیدار با امام خمینی درباره مسائل مهم نهضت و حوزههای علمیه با ایشان مشورت نماید. پس از شهادت آیت الله سید مصطفی خمینی و آغاز دوره جدید نهضت اسلامی، استاد مطهری به طور تمام وقت درخدمت نهضت قرار میگیرد و در تمام مراحل آن نقشی اساسی ایفا مینماید. در دوران اقامت حضرت امام در پاریس، سفری به آن دیار نموده و در مورد مسائل مهم انقلاب با ایشان گفتگو میکند و در همین سفر امام خمینی ایشان را مسؤول تشکیل شورای انقلاب اسلامی مینماید. هنگام بازگشت امام خمینی به ایران مسؤولیت کمیته استقبال از امام را شخصاً به عهده میگیرد و تا پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن همواره در کنار رهبر عظیم الشأن انقلاب اسلامی و مشاوری دلسوز و مورد اعتماد برای ایشان بود تا اینکه در ساعت بیست و دو و بیست دقیقه سه شنبه یازدهم اردیبهشت ماه سال ۱۳۵۸ در تاریکی شب در حالی که از یکی از جلسات فکری سیاسی بیرون آمده بود یا گلوله گروه نادان و جنایتکار فرقان که به مغزش اصابت نمود به شهادت میرسد و امام و امت اسلام در حالی که امیدها به آن بزرگمرد بسته بودند در ماتمی عظیم فرو میروند.
سلام و درود خدا بر روح پاک و مطهرش.