در شروع خوبه بدونید برای طراحی PCB از روی نقشه یک مدار توسط این نرم افزار باید چند مرحله رو به ترتیب انجام بدیم که هر مرحله وابسته به نتیجه مرحله قبل هستش به همین خاطر در این نرم افزار بر خلاف 
اکثر نرم افزارهای ویندوزی اصلا نمیشه با ور رفتن و کل کل کردن کاری از پیش برد! پس حالا که آماده اید و نرم افزار Protel 99 SE رو هم تهیه و نصب کردید بیاید با یک مثال شروع کنیم:
بیاید در نظر بگیریم که نقشه مدار سنسورهای مسیریاب رو که قبلا معرفی کردم شبیه تصویر مقابل توی سیستممون یا روی یک تکه کاغذ داریمش و می خوایم فیبر مدار چاپی (از این به بعد همون PCB) اون رو طراحی کنیم.
برنامه پروتل رو اجرا کنید، پس از بارگذاری برنامه وارد محیط اصلی این نرم افزار میشید، بدون وجود هیچ پروژه فعالی!
از منوی File گزینه New رو انتخاب کنید تا پنجره "New Design Database" که مربوط به تنظیمات فایل اصلی پروژه جدید شماست، همانند شکل زیر باز بشه...
باید بدونید که تمام فایلهای جانبی یک پروژه در نرم افزار پروتل (که تعداد اونها معمولا زیاد هم هست) در یک فایل به صورت بانک اطلاعاتی -معمولا و بطور پیشفرض Access- ذخیره میشه. این پنجره هم مربوط به همین تنظیمات به همراه نام فایل و مسیر ذخیره اون هست که در صورت عدم اطلاع کافی میتونید حالت پیشفرض اونها رو تغییر ندید.
بعد از کلیک کردن دکمه OK پروژه جدید شما ساخته میشه و میزکار اون بصورت پنجره ای جدید شامل سه آیکون Recycle Bin, Design Team و Documents باز خواهد شد. آیکون Recycle Bin سطل آشغال پروژه و آیکون Design Team حاوی اطلاعات و وظایف اعضای گروه در صورت انجام پروژه گروهی هست که در اینجا برای ما اهمیت چندانی ندارند.
با کلیک بر روی زبانه Documents وارد این پوشه شوید. حالا در یک نقطه سفید راست کلیک کرده و گزینه ...New را انتخاب کنید تا پنجره New Document همانند شکل فوق ضاهر شود.
از پنجره فوق گزینه Shematic Document را انتخاب کنید و OK را فشار دهید. با این کار یک سند جدید از نوع شماتیک به پوشه داکیومنت اضافه می شود. نام سند را برای نمونه به "sensor.sch" تغییر بدید.
نکته: اولین مرحله برای طراحی PCB یک مدار، طراحی شماتیک آن توسط این نرم افزار می باشد.
با دوبار کلیک روی سند شماتیک ایجاد شده، وارد محیط کار طراحی شماتیک مدار می شوید.
این محیط طراحی درون سربرگ (زبانه یا Tab) جدیدی روی همان پنجره میزکار همانند شکل ظاهر خواهد شد. اما نکته مهم پدیدار شدن نوارابزاری جدید در سمت چپ این محیط می باشد! این پنجره نوارابزار (Design Manager) شامل دو قسمت می باشد: ۱-لیست قطعات الکترونیکی -به صورت شماتیک- و تصویر شماتیکی آنها (قسمت۲) در پایین و ۲-قسمتی برای اضافه کردن کتابخانه های حاوی اطلاعات این قطعات (قسمت۱).
در ادامه خواهیم دید که شماتیک هر کدام از این قطعات (مثل خازن، مقاومت و...) همراه اطلاعاتی همچون شکل پایه ها، تعداد پایه ها و... می باشد، هر گروه از این قطعات که ارتباطی بهم دارند درون کتابخانه های مجزا نگهداری می شوند.
در حالت پیشفرض کتابخانه "Miscellaneous Devises.lib" که حاوی قطعات ابتدایی الکترونیکی (مثل خازن، ترانزیستور، آپ امپ و...) می باشد، در لیست کتابخانه ها انتخاب شده و لیست قطعات موجود در آن در قسمت پایین آن دیده می شود.
برای قرار دادن هر کدام از این قطعات روی صفحه طراحی باید اول آنها را از لیست انتخاب کنید و سپس دکمه Place را فشار دهید، آنگاه مکانما بشکل قطعه مورد نظر درمی آید که با کلیک روی هر قسمت محیط طراحی قطعه در آنجا قرار می گیرد. در شکل زیر قسمتی از محیط طراحی هنگام انجام این کار را مشاهدا می کنید.
